Cercetătorii dezvoltă o metodă standardizată pentru analiza metilării ADN la nivel de celulă individuală
Un colectiv de cercetători de la Institutul de Tehnologie pentru Sănătate și Medicină din cadrul Institutelor de Științe Fizice Hefei ale Academiei Chineze de Științe a dezvoltat un flux de lucru standardizat pentru analiza metilării ADN în celule individuale. Rezultatele au fost publicate în revista Nature Protocols.
Metilarea ADN este un mecanism care contribuie la reglarea activității genelor și este implicată în dezvoltarea celulară și în apariția bolilor. Secvențierea tradițională măsoară nivelurile medii de metilare la nivelul unui grup mare de celule, ceea ce poate ascunde diferențele dintre celulele individuale. Secvențierea la nivel de celulă unică poate evidenția aceste diferențe, însă cantitatea redusă de ADN din fiecare celulă face dificilă pregătirea probelor.
Pentru a depăși această dificultate, cercetătorii au simplificat mai multe etape ale procesului. Pregătirea celulelor, digestia ADN și alte reacții au loc în aceeași microcavitate, ceea ce reduce necesitatea purificărilor repetate și ajută la prevenirea pierderii de ADN. Codurile moleculare de tip barcode etichetează probele individuale, permițând gruparea a 24 de probe de celule unice pentru procesare. Astfel se reduce consumul de reactivi și procesul devine mai eficient.
Cercetătorii au dezvoltat, de asemenea, un instrument automatizat de analiză, SingleCellMethPipe, care procesează datele de secvențiere, identifică modelele de metilare și verifică calitatea datelor.
Pentru a evalua metoda, echipa a analizat 96 de celule stem și proginitoare hematopoietice individuale provenite de la un donator sănătos și de la un pacient cu sindrom mielodisplazic, o afecțiune care afectează producția de celule sanguine sănătoase. Dintre acestea, 86 au trecut verificările de calitate, ceea ce corespunde unei rate de succes de 89,6%. Analiza a identificat diferențe de metilare a ADN atât între tipurile de celule, cât și între proba sănătoasă și cea de la pacient.
Potrivit cercetătorilor, protocolul oferă un instrument practic pentru studierea modului în care se dezvoltă celulele și a modului în care modificările metilării ADN sunt legate de tulburările sanguine și de cancer.
